La costruzione di WHIP-Salute si basa sul record linkage a livello individuale degli archivi messi a disposizione dai diversi enti fornitori, inclusi come soggetti compartecipanti all'interno del PSN.
In questa sezione vengono descritte nel dettaglio le informazioni disponibili per ognuna delle fonti attualmente integrate nell'archivio (INPS, INAIL, Ministero della Salute e ISTAT) e viene descritta l'articolata procedura di linkage utilizzata.
La complessità della procedura è legata alla necessità di protezione della privacy degli individui presenti nella banca dati. Infatti è organizzata in modo da dividere gli identificativi diretti (il codice fiscale) dalla storia lavorativa individuale e dai relativi eventi di salute. Nessun ente coinvolto nel progetto possiede queste informazioni contemporaneamente.
Lo schema seguente rappresenta in sintesi le relazioni generate dall'unione delle quattro banche dati utilizzate: